6 listopada 1939 roku 183 krakowskich profesorów oraz nauczycieli akademickich zostało aresztowanych przez gestapo, a następnie wywiezionych do obozów koncentracyjnych w Sachsenhausen i Dachau. Społeczność Akademicka Uniwersytetu Jagiellońskiego, wraz z innymi krakowskimi uczelniami wspomina tę tragiczną rocznicę, obchodząc Akademicki Dzień Pamięci.
W uroczystościach, które odbyły się 5 listopada 2021 roku w Krakowie uczestniczył dr Krzysztof Waśkowski, Prorektor ds. nauki i rozwoju. Delegacje krakowskich uczelni spotkały się przy bramie Cmentarza Rakowickiego, gdzie odsłonięto grobowiec doc. Jadwigi Miklaszewskiej i Stanisława Miklaszewskiego. Społeczność akademicka złożyła kwiaty przed tablicami pamiątkowymi w koszarach 16. Batalionu Powietrznodesantowego im. gen. bryg. Mariana Zdrzałki, przed Collegium Novum oraz Dębem Wolności.
Główne obchody rocznicy tej jednej z najdramatyczniejszych akcji wymierzonych przeciwko polskiej inteligencji, odbyły się w Collegium Novum, w którym doszło do aresztowań. O godz. 19.30 w Uniwersyteckiej Kolegiacie św. Anny w Krakowie zostanie odprawiona msza św. w intencji ofiar Sonderaktion Krakau, poległych podczas wojny oraz wszystkich zmarłych w minionym roku akademickim profesorów, pracowników i studentów uczelni krakowskich.
W 2005 roku Podhalańska Państwowa Uczelnia Zawodowa w Nowym Targu upamiętniła ofiary Sonderaktion Krakau, umieszczając na ścianie budynku Gorce tablicę poświęconą pamięci polskich uczonych, ofiar hitlerowskiego i sowieckiego terroru, mordowanych w obozach koncentracyjnych oraz łagrach.
